El colegio no cuenta con una infraestructura adecuada, hay una carencia presupuestal por lo tanto hay muy pocos recursos educativos. (Proyectores digitales, material didáctico y hasta ventiladores)
Salones muy pequeños, Algunos profesores no están tan capacitados por lo tanto los resultados en las pruebas ICFES son bastante flojos.
EXCELENTE FORMACION EN VALORES Y ACADEMICA. DOCENTES CON GRAN CALIDAD HUMANA. Y LO MAS IMPORTANTE LOS NIÑOS AMANA SU COLEGIO. MUY FELIZ QUE LA FORMACION DE PRE-ESCOLAR Y PRIMARIA SEA EN EL COLEGIO SAN RAFAEL II SEDE.